牙簽的正確歷史至今仍無定論，但考古學家曾在史前人的牙齒中發現類似使用牙簽的凹痕，亦曾在牙縫間發現小竹簽的殘余。在美國，一個使用牙簽的是一家在麻州波士頓的海鮮餐廳“聯合牡蠣屋”Union Oyster House，發明牙簽的企業家在當時很明顯的企圖以哈佛學生作為客戶，甚至于付錢讓哈佛學生在該餐廳吃飯，只為了讓他們試用牙簽。