燒烤竹簽在出產和運送過程中易傳染病毒、細菌以及某些化學物質。所以，新買的燒烤竹簽能夠先用自來水清洗。

日常中在清洗燒烤竹簽時也要先把燒烤竹簽外表沖凈，再用洗潔精仔細搓洗燒烤竹簽，搓洗燒烤竹簽時力度要適中，不要猛搓。大都家庭洗燒烤竹簽的方法很“粗獷”，抓著一把燒烤竹簽用洗潔精猛搓，然后用清水沖刷，其實這樣很容易使燒烤竹簽尤其是沒有保護層的“裸筷”變粗糙，發生許多纖細的凹槽、裂紋，導致病微生物殘留。

有條件的可放入消毒碗柜中消毒、烘干，確保瀝干后再儲藏。

儲藏燒烤竹簽時一定要豎放，燒烤竹簽盒應當選擇鏤空、底部不會積水的，并做到常常清洗、消毒。切勿選擇強酸強堿洗滌劑，防止殘留的化學物對人體構成損害。